Program open source do zarządzania cząsteczkami chemicznymi

Program open source do zarządzania cząsteczkami chemicznymi

Programy do zarządzania cząsteczkami chemicznymi są zwykle bardzo drogie dla małych laboratoriów. Dodatkowo nie oferują elastyczności jaką cechuje oprogramowanie typu open source, które może być modyfikowane przez użytkownika. Jednym z tego typu programów jest MyMolDB.

MyMolDB został stworzony przez chińskich naukowców: Bing Xia, Zheng-Fu Tai, Bang-Jing Li, Li-Sheng Ding i Yan Zhou z Chińskiej Akademii Nauk oraz Yu-Cheng Gu z Syngenta's Jealott's Hill International Research Centre w Bracknell, Berkshire (Wielka Brytania).

Twórcy MyMolDB określają program jako mikromolekularne bazodanowe rozwiązanie wspomagające dokładne, złożone wyszukiwanie cząsteczek. Program oparty jest na skryptowym języku programowania – Python i wyposażony w webowy interfejs. Program pozbawiony jest wad obecnie dostępnego oprogramowania open source, które okazuje się mieć ograniczoną funkcjonalność gdy przychodzi zastosować je do podstawowych zadań chemoinformatyki. Twórcy programu podkreślają, że wbudowana wyszukiwarka oparta jest na czystym języku SQL, baza danych natomiast zbudowana w sposób umożliwiający bardzo szybkie wyszukiwanie danych.

Szybkie wyszukiwanie cząsteczek chemicznych odgrywa coraz większą rolę w dobie lawinowo rosnącej jej liczby. W ciągu wieków naukowcy odkryli/zsyntezowali miliony cząsteczek chemicznych – 20 mają br. baza CAS cząsteczek chemicznych osiągnęła 60 mln rekordów, od 2009 roku baza powiększyła się aż o 10 mln nowych cząsteczek. Od mają br. do połowy lipca baza CAS powiększyła się już o kolejnych milion cząsteczek.

Oprogramowanie które służy do analizowania i gromadzenia informacji o cząsteczkach chemicznych jest zwykle wyposażone w zbyt wiele funkcji i za drogie dla małych laboratoriów, ponadto ograniczona jest możliwość modyfikacji takiego oprogramowania. W małym laboratorium badawczym operuje się na tysiącach, czasem dziesiątkach tysięcy cząsteczek, podczas gdy komercyjne oprogramowanie pozwala na zarządzanie milionami cząsteczek. Dla takiego laboratorium korzystniejsze może być wybranie oprogramowania MyMolDB, które pozwala na stworzenie bazy cząsteczek do ilości 1 mln.

Twórcy oprogramowania zachęcają do uczestniczenia w rozwoju MyMolDB poprzez stronę internetową http://code.google.com/p/mymoldb

(pj)