Poradnik na temat sekwencjonowania DNA

Naukowcy z Uniwersytetu w Göteborgu opracowali poradnik dotyczący sekwencjonowania DNA, które jest jedną z ważniejszych części badań biologicznych. Głównym tematem poradnika jest kontrola jakości sekwencjonowania.

Okazuje się, że pomimo zgromadzonej dosyć dużej bazy wiedzy na temat sekwencjonowania DNA część danych nie jest wiarygodnych, szczególnie w przypadku sekwencji DNA grzybów, gdzie prawie 10 proc. informacji jest źle zidentyfikowana na poziomie gatunku. Z tego powodu naukowcy z DNA postanowili stworzyć poradnik w tej dziedzinie, który pomógłby w kontroli jakości sekwencjonowania. Henrik Nilsson jet autorem wiodącym artykułu naukowego na temat sekwencjonowania DNA opublikowanego w dostępnym bezpłatnie czasopiśmie MycoKeys.

Wielu badaczy uznaje kontrolę jakości w sekwencjonowaniu DNA jako etap sprawiający wiele trudności. Ponadto istnieje wiele różnych podejść do zagadnienia kontroli jakości w tym procesie, co utrudnia porównywalność.

Jednym z elementów komplikujących kontrolę jakości jest złożone i wymagające dużych mocy obliczeniowych oprogramowanie. Z kolei nie wydaje się celowe i możliwe, aby wszyscy biolodzy mieli dostęp do potężnych komputerów. Dlatego w omawianym poradniku zawarto opis kontroli jakości, jaką można wykonać za pomocą prostych narzędzi i przeglądarki internetowej. Poradnik zawiera wiele zasad dotyczących sekwencjonowania DNA i obserwacji na różnych etapach kontroli jakości, a opiera się głównie na informacjach dotyczących badań grzybów, gdzie sekwencjonowanie to technika, która pozwoliła na znaczny progres w badaniach. Jednak zawarte w nim informacje mogą zostać użyte w odniesieniu do większości genów i grup organizmów.

Poradnik w formacie .pdf można znaleźć pod tym adresem .

(pj)