Naukowcy z Białegostoku rozszyfrowali genom bakterii escherichia albertii

Genom bakterii E. albertii

Naukowcy z Zakładu Mikrobiologii Uniwersytetu Medycznego (UMB) w Białymstoku - kierowanego przez dr hab. Katarzynę Leszczyńską - pierwsi na świecie rozszyfrowali pełną sekwencję genomu bakterii Escherichia albertii. Bakteria ta wywołuje biegunki, będące jedną z najczęstszych przyczyn umieralności dzieci poniżej 5 roku życia, i to niezależnie od regionu geograficznego. Różne problemy związane z jej występowaniem dotyczą przede wszystkim krajów rozwijających się, natomiast w krajach uprzemysłowionych bakteria ta jest przyczyną ogromnych obciążeń natury socjoekonomicznej – poinformowano na stronie internetowej UMB.

Na dzień dzisiejszych nie mamy szczegółowej wiedzy o drobnoustrojach wywołujących biegunki. Ze względu na dużą liczbę enteropatogenów stanowią one duże wyzwanie diagnostyczne. Do tej pory zidentyfikowano ponad 20 różnych bakterii, wirusów i pasożytów, którym udowodniono lub wykazano potencjalny związek z biegunkami. Dzięki zastosowaniu nowoczesnych metod diagnostycznych, takich jak techniki biologii molekularnej, sytuacja poprawia się, nadal jednak w wielu przypadkach nie udaje się wykazać potencjalnego czynnika etiologicznego biegunek.

Escherichia albertii jest słabo poznaną bakterią, ale zapis genetyczny świadczy, że to potencjalny enteropatogen, mający wiele cech wspólnych ze szczepami E. coli wywołującymi biegunki. Istotną informacją jest to, że komercyjne systemy do identyfikacji bakterii stosowane powszechnie w laboratoriach mikrobiologicznych nie rozpoznają lub błędnie klasyfikują E. albertii. Obecnie najbardziej wiarygodną metodą identyfikacji E. albertii jest wykrycie specyficznych sekwencji DNA metodą PCR. Ponieważ szczepy E. albertii posiadają gen, wykorzystywany jako jeden z markerów przy identyfikacji enterokrwotocznych (EHEC) i enteropatogennych E. coli (EPEC), do niedawna część z nich była błędnie identyfikowana.

Intensywne badania nad E. albertii na UMB rozpoczęto wiosną 2013 roku. Współpraca zespołu dr hab. Katarzyny Leszczyńskiej z Zakładu Mikrobiologii UMB z zespołem dr hab. Izabeli Święcickiej, prof. UwB, kierownikiem Zakładu Mikrobiologii Uniwersytetu w Białymstoku oraz przychylność władz uczelni i pracowników działu nauki umożliwiła zespołowi Zakładu Mikrobiologii UMB do końca roku złożyć w całość genom tej bakterii. Nadal jednak nie wiadomo, jak często bakterie te występują w próbkach klinicznych, jakie jest ich źródło oraz czy wszystkie szczepy mogą być przyczyną biegunek.

Na częstość występowania i względną proporcję każdego z enteropatogenów ma wpływ wiele różnych czynników. Należy zaznaczyć, że wraz z upływem czasu występowanie poszczególnych enteropatogenów może się zmieniać, dlatego też sprawne monitorowanie sytuacji epidemiologicznej w danej populacji wymaga stałej aktualizacji danych na temat potencjalnych czynników etiologicznych, częstości ich występowania oraz dróg szerzenia się. Ponadto połączenie danych epidemiologicznych i klinicznych może zostać wykorzystane do oceny stopnia ryzyka wystąpienia biegunek o określonej etiologii w zależności od różnych zmiennych, oraz opracowania modeli pomocnych klinicystom w podjęciu decyzji, jaką drogę diagnostyczną powinni obrać.

(pj)