Geometria molekularna - nowa dziedzina nauki

Profesor Deok-Sim Kim z południowokoreańskiego Hanyang University prowadzi badania w nowym obszarze nauki nazwanym geometrią molekularną. Kim jest pionierem w wykorzystywaniu diagramu Woronoja do pracy z trójwymiarowymi strukturami biologicznymi. Profesor z Korei jest także autorem oprogramowania BetaMol opartego na teorii diagramów Woronoja, quasi-triangulacji oraz białkowych kompleksach beta.

Stosowane do opisu przestrzeni dwuwymiarowej diagramy Woronoja Kim zaadaptował do opisu przestrzeni 3D. Umożliwiły one zebranie takich obszarów w przestrzeni, które są bliżej jednego obiektu niż innych przedmiotów. W ten sposób powstaje ,możliwość scharakteryzowania danej przestrzeni.

Przez wiele lat Kim, będący z wykształcenia inżynierem, zgłębiał swoją wiedzę w zakresie biologii molekularnej. Szczególne miejsce w geometrii molekularnej, zwłaszcza dla przemysłu farmaceutycznego, ma modelowanie miejsc dokujących inne cząsteczki w cząsteczkach białek. Dobry opis molekuł umożliwia również właściwe obliczenie poziomu energii niesionej przez cząsteczki, co jest przedmiotem zainteresowania biochemików. Wiele instytucji naukowych korzysta z oprogramowania BetaMol. Sam profesor Kim planuje w przyszłości projektowanie białek w oparciu o modyfikacje strukturalne istniejących białek.

Dalsze badania nad geometrią molekularną wymagają czasu, ale ich wyniki mogą mieć szerokie zastosowanie w opisie skomplikowanych cząsteczek biologicznych.

(pj)