Szybka metoda liczenia DNA

Naukowcy z Uniwersytetu Wirginia w USA udowodnili, że można określać liczbę cząsteczek DNA w próbce w ciągu kilku minut za pomocą cyfrowej kamery i magnetycznych mikrokulek umieszczonych na płytce obrotowej. Metoda może być używana nie tylko w laboratorium ale również w warunkach polowych.

Najpowszechniej stosowanymi metodami liczenia cząsteczek DNA są techniki oparte na zjawisku fluorescencji i ilościowej reakcji łańcucha polimerazy – obie te metody wymagają drogiego sprzętu i są czasochłonne.

James Landers z Uniwersytetu Wirginia wraz ze współpracownikami wykorzystali jedną ze znanych metod liczenia biocząsteczek jaką jest osadzanie białek na magnetycznych mikrokulkach powodujące ich agregację i utworzenie łańcuchów. Następnie za pomocą spektrofotometru mierzy się przepuszczalność światła przechodzącego przez próbkę która powiązana jest z długością łańcuchów a tym samym ilością białek.

W przypadku liczenia DNA Landersowi udało się zamiast drogiego spektrofotometru zastosować kamerę cyfrową. Wszystko dzięki wstępnemu utworzeniu dużych klastrów DNA, które powstają wprowadzenie do roztworu chlorku guanidyny 8-mikometrowych kulek magnetycznych pokrytych krzemionką a następnie próbki DNA. Guanidyna powoduje o rozdzielnie DNA do pojedynczych nici, które następnie osadzają się na mikrokulkach. Umieszczając taką mieszaninę nad zmiennym polem magnetycznym np. pochodzącym od mieszadła magnetycznego można uzyskać klaster cząsteczek DNA osadzonych na mikrokulkach. Agregacji ulegają tylko mikrokulki z osadzonym DNA dzięki czemu po zakończeniu rozdziału i obróbce otrzymanej za pomocą kamery fotografii można określić ilość DNA.

Za pomocą opisanej metody można określać ilość DNA już przy stężeniach poniżej 3 pikogramów na mikrolitr co jest porównywalne z technikami fluorescencyjnymi.

(pj)