Selvita wprowadza na rynek innowacyjne oprogramowanie do molekularnego modelowania białek

Selvita, polska firma dostarczająca innowacyjne i kompleksowe rozwiązania dla jednostek badawczo-rozwojowych, ogłasza wprowadzenie na rynek najnowszej wersji oprogramowania do modelowania molekularnego białek: Selvita Protein Modeling Platform 2.0 (SPMP 2.0).

Najnowsza wersja sztandarowego produktu firmy w zakresie komputerowego wspierania badań nad strukturą białek zawiera nowy moduł do przewidywania struktury kompleksów białko-białko, usprawnienia obsługi oraz polepszenia jakości wyników modelowania dotychczasowych składników pakietu.

SPMP 2.0 zawiera zestaw narzędzi do modelowania i przewidywania struktur białek oraz kompleksów białko-białko, sterowanych poprzez graficzny interfejs webowy (architektura klient-serwer), dostosowany do obsługi zarówno przez zaawansowanych jak i początkujących użytkowników.

Dr. Nicolas Beuzen, Dyrektor ds. Naukowych Selvity, ogłaszając premierę nowej wersji oprogramowania powiedział: „To poważne uzupełnienie naszego produktu, rozszerzające zakres funkcjonalności oprogramowania o nowy moduł: przewidywanie struktury kompleksów (dokowania) białko-białko na podstawie wiedzy o strukturze jego składników. Nowy moduł jest odpowiedzią na najpilniejsze potrzeby naszych klientów i znakomicie uzupełnia ofertę naszego oprogramowania w zakresie modelowania struktury białek. Co więcej, zastosowane tam unikalne i niezwykle wydajne rozwiązania wyróżniają nas na tle konkurencji pod względem możliwości symulacji skomplikowanych przegrupowań olbrzymiej liczby atomów, wywołanych oddziaływaniem białek. To obecnie najbardziej pożądana cecha tego rodzaju algorytmów, najczęściej nieobecna lub realizowana w niewielkim stopniu ze względu na ogromny koszt obliczeniowy. Pozostałe nowe elementy oprogramowania to usprawnienia dotychczasowych składników naszego pakietu: protokołu przewidywania struktury pętli, optymalizacji struktury białka, wizualizacji 3D oraz interfejsu webowego. Wszystkie moduły SPMP 2.0 stanowią razem komplet narzędzi do modelowania struktury białka oraz kompleksów białko-białko na podstawie sekwencji aminokwasowej pozwalający efektywnie wesprzeć badania eksperymentalne.”

Dr Beuzen dodaje: „Od wielu lat komputerowe przewidywanie struktury białka wspomaga projektowanie nowych leków dostarczając bezcennej informacji o strukturze białkowych celów biologicznych czy też ich kompleksów. Jednym z najbardziej interesujących zastosowań komputerowych narzędzi jest projektowanie nowych przeciwciał należących do najbardziej obiecujących leków przyszłości. Selvita Protein Modeling Platform 2.0 dostarcza komplet narzędzi stanowiących niezbędny dzisiaj element komputerowego wsparcia w wysiłkach naukowców w badaniach nad nowymi przeciwciałami.”

Podstawowym założeniem projektu SPMP 2.0 jest wykorzystanie i integracja najnowszych osiągnięć w zakresie bioinformatyki z przyjaznym dla użytkownika interfejsem obsługiwanym przez przeglądarkę internetową. Rozwiązanie takie zapewnia nieograniczoną przenośność aplikacji, bardzo cenną w multi-dyscyplinarnych projektach naukowych. Rdzeniem pakietu Selvita Protein Modeling Platform 2.0 są zaprojektowane przez polskich naukowców unikalne algorytmy do modelowania białek, których skuteczność została wielokrotnie potwierdzona w międzynarodowych konkursach akademickich. Dodatkowe elementy pakietu to zaawansowane narzędzia do wizualizacji molekularnej, analizy struktury i sekwencji umożliwiające efektywne wspomaganie badań nad strukturą białek.

Podstawowe moduły SPMP 2.0 to:
• Modelowanie homologiczne białek – obejmuje procedury umożliwiające otrzymanie struktury białka na podstawie podobieństwa ewolucyjnego, przy wykorzystaniu sekwencji białka
• Dokowanie białko-białko – przewidywanie struktury kompleksów białko-białko na podstawie wymodelowanych lub eksperymentalnie otrzymanych struktur składników kompleksu
• Modelowanie pętli – przewidywanie struktury pętli wyłącznie na podstawie sekwencji aminokwasowej
• Modelowanie de novo - otrzymywanie struktury białek wyłącznie na podstawie sekwencji aminokwasowej, bez wykorzystywania wiedzy o podobieństwie ewolucyjnym

Więcej informacji na stronie Selvita Protein Modeling Platform 2.0

Kontakt pod adresem selvita@selvita.com

Selvita:

Selvita jest polską firmą biotechnologiczną. Specjalizuje się w dostarczaniu kompleksowych rozwiązań dla branży farmaceutycznej i biotechnologicznej umożliwiających obniżenie kosztów wprowadzania innowacyjnych związków na rynek. Obszary działalności firmy to: komputerowe wspomaganie projektowania leków (usługi i software), oprogramowanie do zarządzania laboratorium, synteza chemiczna oraz usługi analityczne.
Selvita rozwija również własne innowacyjne struktury biologicznie aktywne jako kandydatów do późniejszej komercjalizacji przez swoich klientów.