Rozdzielanie genomu roślin

Komórki roślinne zawierają trzy oddzielne genomy– jądrowy, chloroplastowy oraz mitochondrialny. Sekwencjonowanie DNA w sposób całościowy może prowadzić do dużej utraty danych, zwłaszcza w sytuacji, gdy obiektem zainteresowania jest materiał genetyczny pochodzący tylko z jądra.

Badacze z Uniwersytetu w Nowym Meksyku i New England Biolabs postanowili skupić swoją uwagę na domenie wiążącej CpG, która wykazuje różnice w poszczególnych genomach roślin. Główną różnicą jest metylacja domeny CpG, która zachodzi w miejscu łączenia cytozyny i guaniny – taki proces zachodzi jedynie w genomie jądrowym.

Biorąc pod uwagę tę różnice, naukowcy wykorzystali specjalistyczne kulki magnetyczne, które hybrydyzowały ze zmetylowanymi regionami bogatymi w CpG co umożliwiło oddzielenie jądrowego DNA od DNA zawartego w mitochondriach i chloroplastach. Naukowcy zauważyli ponadto, że metylacja CpG umożliwia odróżnianie poszczególnych organizmów występujących w roślinach. Takimi organizmami są np. grzyby (endofity) oraz bakterie (organizmy prokariotyczne). W przypadku tych pierwszych dochodzi do metylacji CpG, natomiast u prokariotów nie dochodzi do takiego procesu.

Nowa metoda sekwencjonowania DNA może znacznie ograniczyć koszty i czas pracy naukowców, gdyż nie wymaga dużej ilości materiału wyjściowego i szybko oddziela materiał, który jest przedmiotem badania.

(pj)