Program określający działanie genów w bakteriach

Naukowcy z Freiburga opracowali program komputerowy umożliwiający przewidywanie funkcji regulatorów genów bakteryjnych. Program nazwany CopraRNA może zaoszczędzić dużo pracy laboratoryjnej, przewidując, które geny są regulowane przez konkretny regulator.

Podstawą działania programu jest porównanie mechanizmów regulacyjnych bakterii. Identyfikacja odpowiednich regulatorów ma szczególne znaczenie przy procesach niszczenia patogenów. CopraRNA upraszcza i zmniejsza ilość skomplikowanych badań.

W przeciwieństwie do innych cząsteczek, regulatory badane przez program nie są białkami, a cząsteczkami RNA. Podobnie jak DNA, RNA są kwasami zbudowanymi z zasad azotowych, które tworzą łańcuch połączony szkieletem fosforanowym cukru. W przeszłości RNA traktowane było jedynie jako matryca dla DNA do syntezy białek. Jednak nie wszystkie, RNA, w tym te, które było analizowane w opisywanych pracach, wytwarzają białka. Z tego powodu noszą one nazwę niekodującego RNA (ncRNA). Jak niedawno zaobserwowano, RNA pełni rolę w sieci sygnalizacji z komórki, np. w momencie, gdy bakterie reagują na zewnętrzne środki pobudzające. Tysiące nowoodkrytych ncRNA działa jako regulatory w komórkach bakteryjnych. Tym samym ich analiza wymaga dużego wysiłku i czasu. CopraRNA opracowany w ramach szerszego projektu finansowanego przez niemieckie Ministerstwo Edukacji i Badań Naukowych sprawia, że badania nad regulatorami bakteryjnymi szybciej mogą się przełożyć na stworzenie efektywnych terapii medycznych.

(pj)