Pseudogeny pozwalają lepiej zrozumieć działanie biomarkerów

Naukowcy z Uniwersytetu w Teksasie przekonują, że uważane do tej pory za nieużyteczne dla organizmu pseudogeny mogą pełnić istotną rolę diagnostyczną.

Zespół doktora Hana Lianga z Zakładu Bioinformatyki i Biologii Obliczeniowej przy Centrum Onkologii przeprowadził badanie profilu ekspresji pseudogenów w 2808 próbkach uzyskanych od pacjentów chorych na 7 typów nowotworów. Tak duża liczba próbek oznaczała analizę 387 miliardów sekwencji RNA służących określeniu poziomu ekspresji blisko 10 tys. pseudogenów. Wyniki żmudnych analiz wskazały na duże znaczenie pseudogenów pełniących role biomarkerów nowotworowych. Obecność poszczególnych biomarkerów może wskazywać na obecność stanu przedchorobowego lub choroby. Biomarkery nowotworowe mogą być również stosowane do określania poziomu odpowiedzi na konkretne terapie.

Wyniki analiz wykazały m.in., że w przypadku raka nerki ekspresja konkretnych pseudogenów nie tylko znacząco korelowała z przeżyciem pacjenta, ale także umożliwiła stratyfikację pacjentów względem zmiennych klinicznych. Z kolei w przypadku raka macicy pseudogeny pozwoliły wyróżnić główne podtypy tego nowotworu. Według doktora Lianga opublikowane w Nature Communications wyniki badań podkreślają wagę pseudogenów, których analiza może stać się „złotym standardem" badania mechanizmów nowotworowych.

(pj)